Depuis le coup d’État, Mohamed Bazoum et son épouse sont détenus au palais présidentiel à Niamey, la capitale. Les trois organisations ont exprimé à plusieurs reprises des inquiétudes quant à leur bien-être. En août 2023, les autorités ont annoncé leur intention de traduire en justice Mohamed Bazoum pour « haute trahison » et atteinte à la sûreté intérieure et extérieure, mais il n’a pas encore été présenté à un juge.
En septembre 2023, Mohamed Bazoum a intenté une action en justice devant la Cour de justice de la CEDEAO à Abuja, invoquant des violations des droits humains à son encontre et à l’encontre de sa famille pendant leur détention. En décembre 2023, la Cour de la CEDEAO a statué que Mohamed Bazoum avait été arbitrairement détenu et a appelé à sa libération. En avril, les autorités ont engagé une procédure judiciaire contre Mohamed Bazoum pour lever son immunité présidentielle afin qu’il puisse être jugé pour des crimes présumés commis après son élection en tant que président en 2021. Le 14 juin 2024, la Cour d’État du Nigera levé l’immunité à l’issue d’une procédure qui n’a pas respecté les normes essentielles d’une procédure régulière ainsi que les standards internationaux en matière de procès équitable, notamment le droit à la défense.
Les autorités militaires ont également arrêté arbitrairement au moins 30 responsables du gouvernement déchu, y compris d’anciens ministres, des membres du cabinet présidentiel et des personnes proches de l’ancien président, sans leur accorder une procédure régulière ni respecter leurs droits à un procès équitable. Les avocats représentant les personnes arrêtées ont déclaré que leurs clients avaient été détenus au secret par les services de renseignement, avant d’être transférés dans des prisons de haute sécurité pour des accusations sans fondement.
Au moins quatre d’entre eux ont été libérés sous caution en avril, tandis que tous les autres ont été accusés d’« atteinte à la sûreté de l’État », entre autres infractions, par un tribunal militaire bien qu’ils soient des civils.